Heeft u personeelsleden die speur- en ontwikkelingswerk (S&O) uitvoeren, dan kunt u uren die hieraan zijn besteed opvoeren als S&O-loonkosten. Deze uren worden vermenigvuldigd met het S&O-uurloon. Dit is € 29,- of als u eerder gebruik heeft gemaakt van de regeling, een gemiddelde van de betrokken werknemers. Voor zelfstandige ondernemers met minimaal 500 S&O-uren is er een vaste aftrek van € 12.623,-in de aangifte voor de inkomstenbelasting.

Ook voor directe kosten en investeringen kunt u subsidie krijgen. Hoeveel hangt af van het aantal uur dat is besteed aan het speur- en ontwikkelingswerk en van de werkelijke kosten. Dit verschilt dus sterk per bedrijf. Als u geen of  beperkte  kosten verwacht kunt u kiezen voor het forfait, er wordt dan standaard € 10,-per S&O-uur berekend (tot 1.800 S&O-uren, daarboven € 4,-). Indien er wel omvangrijke kosten en uitgaven zijn voor het project kunnen deze begrote kosten worden opgegeven.

Maakt u al winst op uw innovatie, dan maakt u kans op nog meer subsidie. Dit doet u door de Innovatiebox toe te passen in uw aangifte Vennootschapsbelasting. U betaalt dan minder belasting op uw winst. Dit belastingvoordeel kan flink oplopen. Het kan zijn dat u over de winst maar 7% belasting hoeft te betalen. Dit terwijl de vennootschapsbelasting (Vpb) normaal gesproken al 20 of 25% bedraagt. Let op, want dit kan alleen als u al eerder WBSO of een octrooi heeft aangevraagd.